医疗废物微波处理设备包括垃圾处理系统和废气净化系统两部分。

　　垃圾处理系统由滤气室、清理室、碾磨室和回收室四个腔室组成，除此还包括传送器、闭合装置等辅助设备。滤气室中装有输气管和排气管，用来输入氮气以清除设备中的氧气。清理室是解聚作用发生室，系统在无氧环境中通过微波辐射使医疗垃圾发生解聚合作用，把复杂的有机化合物转化成没损害害的简单化合物。清理室中装有大量磁电管装置和灯丝变压器。磁电管装置是微波的振荡传导装置，包括矩形波导、装在波导一侧的磁电管、波导末端的圆锥状部件。圆锥状部件的末端经由连接器固定在清理室的顶部。磁电管装置还包括一个把磁电管与清理室隔离开的阻挡装置，以及一个优化磁电管与清理室之间连接的调谐装置。阻挡装置主要是一个由特氟隆制成的微波可渗透的透明圆形硬板，调谐装置主要是一个可以预先设定并即时调整的调谐器，理想情况下还包括一个凸入波导内的可调节的螺杆。碾磨室包括制冷器、碾磨机和鼓风机。与鼓风机相连的管道通入回收室中。回收室和碾磨室是隔开的，它包括输送经处理废物的管道、回收箱和传送器。

　　在医疗废物微波处理设备滤气室、清理室、碾磨室之间有一个负责传输医疗垃圾的传送器。传送器的表面成丝绒状，以配合闭合装置达到密封的目的。在外部与滤气室之间、滤气室与清理室之间、清理室与碾磨室之间分别有一台闭合装置。闭合装置的作用是密封这三个腔室，把工作中的腔室同医疗垃圾处理设备的其它部分及外界环境隔离开来。闭合装置包括门框和悬挂在门框上的一扇门，还包括驱动门在开启位置和部分闭合位置之间垂直运动的驱动装置，以及驱动门在部分闭合位置和闭合位置之间平行运动的汽缸组。驱动装置可以是一个充气汽缸或一台电动机。

　　废气净化系统主要用氢氧化钠（NaOH）来除去废气中的氯化氢和氢氯酸（HCl），并冷凝出碳氢化合物。废气净化系统包括文氏管、辅助洗涤槽、主洗涤槽、两个并行塔、NaOH添加器、热氧化器或涡轮，以及提供洗涤液循环压力的若干个潜水泵，文氏管顶部装有一个喷嘴，喷嘴可以上下运动，以便于活塞把蒸气管内壁的沉淀物清除到清理室中，辅助洗涤槽中装有洗涤液喷口和分离碳氢化合物的撇渣器。医疗废物微波处理设备中的主洗涤槽包括两个间隔间，分别与两个并行塔连为一体。两个并行塔顶都装有洗涤液喷口，可以向主洗涤槽中喷射洗涤液，NaOH添加器负责对洗涤液的pH值进行实时监控，并向洗涤液中添加NaOH，以中和HCl，净化后的气体经热氧化器或涡轮最终处理后排入大气。