高温生物降解机为达无害化处置死畜禽的目的，其核心操作可以概括为密闭空间消菌、高温杀毒和微生物降解三个部分。由于利用该处理设备，该工艺在进行过程中自动化程度较高，因此操作较为便捷。

　　其流程为：在养殖场发现死畜禽尸体后，为了使养殖场或者是附近无害化处理中心易于开展下一步行动，要迅速将其冷藏，避免出现腐烂、疾菌传播入空气中等情况。工作人员在进行高温生物降解之前要将冷藏的尸体集中取出并进行重量测量，随后通过处理室内的智能传输系统将死畜禽传送入封闭罐体内。其次，工作人员要开启加温设备使罐内持续升温直到温度达到150℃及以上。并保持该温度3～6h，以达到高温高压消菌的成果。

　　然后，完成高压消菌后要将罐内温度降低，维持在60℃左右即可。随后启动搅拌破碎装置，将畜禽尸体进行切碎处理，并放入10%～25%的秸秆和一定比例的降解菌。降解菌通常会选用常见的酵母菌，降解成果好且价格低廉。进行操作时要注意投入降解菌之前要在培养皿上将其活化，从而减少高温生物降解机降解的时间，降解过程通常会持续6～8h。

　　待降解结束后直接将处理后的产物取出即可；而秸秆是一种辅料，帮助增进降解的效率，并且除了秸秆外，锯末、米糠、干粪也均可以作为降解辅料。无害化处理工作人员通常会在考虑这四种辅料的效能和成本等特点之后;先选用秸秆来完成处理任务。

　　在处理畜禽尸体前，要仔细了解畜禽致死的疾因，如果只是普通常规的动物疾疫，可以越过前面消菌的步骤直接切碎、加入辅料和降解菌进行生物降解。在尸体堆积量小于1t时也可以直接应用高温生物降解机进行生物降解。如果畜禽患有烈性传播疾疫或者疑似烈性传播疾疫时，则为符合生物安全标准须进行高温高压降解处理后才可以开始降解。